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DNA甲基化實驗服務(wù)

甲基化檢測

DNA的甲基化(Methylation) 是早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾之一，甲基化僅修飾胞嘧啶，DNA的甲基化修飾是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下使CpG雙核苷酸5端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶，由于CpG島主要位于基因的啟動子和第--外顯子區(qū)域，其甲基化修飾通常抑制基因的表達，去甲基化后基因重新活化和表達。DNA甲基化修飾方式在不改變基因序列的前提下實現(xiàn)對基因表達的調(diào)控。

主要檢測方式

1. MSP:甲基化特異性PCR (Methylation-specific PCR)即用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA.未甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，甲基化的胞嘧啶不會發(fā)生改變，設(shè)計針對甲基化序列的引物進行PCR擴增,然后通過電泳等檢測手段檢測MSP擴增產(chǎn)物來確定位點是否存在甲基化。

2. BSP:亞硫酸氫鹽測序法(Bisulfite sequencing PCR)與MSP相似，用亞硫酸氫鹽將未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，設(shè)計BSP引物進行PCR,擴增中尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶，對PCR產(chǎn)物進行測序來判斷CpG位點是否甲基化。

• HRM:高分辨率溶解曲線法(High Resolution Melting)原理也是用亞硫酸氫鹽處理。未甲基化的胞嘧啶經(jīng)PCR擴增變成胸腺嘧啶，樣品中的GC含量發(fā)生變化從而溶解溫度發(fā)生變化,從而確定位點是否發(fā)生甲基化?；谙拗菩詢?nèi)切酶的

測序方法:

1.靶向富集甲基化位點的測序方法

2. SMRT測序法

結(jié)果展示

Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: Si

Note:

實驗完成周期及交付標(biāo)準

1.實驗周期: 3-5周

2.交付標(biāo)準:甲基化檢測結(jié)果、實驗報告(實驗步驟、試劑、儀器等)

需確認的信息

1.目的基因及種屬

2.樣本類型(細胞、組織、血液等)

3.目的基因片段

參考文獻

[1] Sato S , Uemoto Y , Kikuchi T , et al. SNP- and haplotype-based genome-wide association studies for growth,

carcass, and meat quality traits in a Duroc multigenerational population[J]. Bmc Genetics, 2016, 17(1):60.

[2] Ichikawa K, Tomioka S , Suzuki Y , et al. Centromere evolution and CpG methylation during vertebrate speciation[J].

Nature Communications, 2017. 8(1):1833.

[3] Yang Y , Scott S A. DNA Methylation Profling Using Long-Read Single Molecule Real-Time Bisulfite Sequencing

(SMRT-BS)[J] Methods Mol Biol, 2017, 1654:125-134.

[4]Yang Y , Sebra R，Pullman B S , et al. Quantitative and multiplexed DNA methylation analysis using long-read

single-molecule real-time bisulfite sequencing (SMRT-BS).J]. Bmc Genomics, 2015, 16(1):350.

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